La accion empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con mas experiencia y fuerza. Ademas, la organizacion de Akatsuki
entra definitivamente en accion, tras su breve aparicion en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal en la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandono voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y asi poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
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